webPSN

Color	Trajectory Frequency
	0 < Freq. ≤ 10
	10 < Freq. ≤ 20
	20 < Freq. ≤ 30
	30 < Freq. ≤ 40
	40 < Freq. ≤ 50
	50 < Freq. ≤ 60
	60 < Freq. ≤ 70
	70 < Freq. ≤ 80
	80 < Freq. ≤ 90
	90 < Freq. ≤ 100

Index	Node1	Node2	Freq	Hub1?	Hub2?	Community
1	A:A:1	A:A:2	99.99	No	No	0
2	A:A:2	A:A:3	100	No	No	0
3	A:A:3	A:A:4	100	No	No	0
4	A:A:5	A:A:6	100	No	No	0
5	A:A:6	A:A:7	98.6	No	Yes	0
6	A:A:7	A:A:8	72.56	Yes	No	0
7	A:A:7	A:A:89	100	Yes	No	0
8	A:A:7	A:A:91	64.62	Yes	Yes	0
9	A:A:8	A:A:9	99.93	No	No	3
10	A:A:8	A:A:86	91.18	No	Yes	3
11	A:A:86	A:A:9	51.17	Yes	No	3
12	A:A:87	A:A:9	68.05	No	No	3
13	A:A:10	A:A:11	71.38	No	Yes	0
14	A:A:11	A:A:85	64.18	Yes	No	0
15	A:A:13	A:A:16	56.17	No	No	0
16	A:A:13	A:A:81	99.32	No	No	0
17	A:A:14	A:A:15	100	No	No	0
18	A:A:15	A:A:16	99.75	No	No	0
19	A:A:17	A:A:18	95.31	No	No	0
20	A:A:20	A:A:21	100	No	No	4
21	A:A:20	B:B:8	88.22	No	Yes	0
22	A:A:21	A:A:22	100	No	No	0
23	A:A:22	A:A:23	100	No	No	0
24	A:A:22	B:B:6	96.5	No	No	0
25	A:A:23	A:A:24	92.89	No	No	0
26	A:A:26	A:A:27	69.48	No	No	0
27	A:A:27	A:A:28	99.93	No	Yes	1
28	A:A:28	A:A:29	88.1	Yes	No	0
29	A:A:29	A:A:30	100	No	No	0
30	A:A:30	A:A:31	100	No	Yes	1
31	A:A:31	A:A:32	89.18	Yes	No	1
32	A:A:31	A:A:36	75.75	Yes	Yes	1
33	A:A:35	A:A:36	100	Yes	Yes	1
34	A:A:35	A:A:58	52.03	Yes	No	0
35	A:A:36	A:A:37	100	Yes	No	0
36	A:A:36	A:A:57	60.54	Yes	Yes	1
37	A:A:37	A:A:38	97.49	No	No	0
38	A:A:40	A:A:41	100	No	Yes	0
39	A:A:41	A:A:42	100	Yes	Yes	2
40	A:A:42	A:A:43	99.61	Yes	No	2
41	A:A:42	A:A:47	71.76	Yes	Yes	2
42	A:A:47	A:A:48	97.58	Yes	No	2
43	A:A:48	A:A:49	90.94	No	Yes	2
44	A:A:49	A:A:51	100	Yes	Yes	0
45	A:A:51	A:A:52	100	Yes	No	0
46	A:A:51	A:A:91	85.04	Yes	Yes	0
47	A:A:52	A:A:89	58.72	No	No	0
48	A:A:53	A:A:54	100	No	No	1
49	A:A:53	A:A:56	62.86	No	Yes	1
50	A:A:56	A:A:91	100	Yes	Yes	1
51	A:A:57	A:A:58	100	Yes	No	0
52	A:A:58	A:A:59	99.86	No	No	0
53	A:A:61	A:A:62	100	Yes	No	3
54	A:A:61	A:A:64	99.82	Yes	No	3
55	A:A:64	A:A:65	100	No	No	0
56	A:A:65	A:A:66	85.93	No	No	0
57	A:A:66	A:A:67	95.58	No	No	0
58	A:A:70	A:A:71	100	No	Yes	1
59	A:A:71	A:A:72	100	Yes	No	0
60	A:A:71	A:A:75	74.5	Yes	No	1
61	A:A:71	B:B:4	96.81	Yes	No	1
62	A:A:71	B:B:5	52.14	Yes	No	1
63	A:A:72	A:A:73	100	No	No	0
64	A:A:75	A:A:76	99.99	No	Yes	1
65	A:A:76	A:A:77	100	Yes	No	1
66	A:A:76	A:A:80	63.78	Yes	No	0
67	A:A:77	A:A:78	99.12	No	No	1
68	A:A:78	A:A:79	95.65	No	No	0
69	A:A:79	A:A:80	97.12	No	No	0
70	A:A:80	A:A:81	100	No	No	0
71	A:A:83	A:A:84	99.49	No	No	0
72	A:A:84	A:A:85	100	No	No	0
73	A:A:85	A:A:86	59.62	No	Yes	0
74	A:A:86	A:A:87	99.93	Yes	No	3
75	A:A:88	A:A:89	99.96	No	No	0
76	A:A:90	A:A:91	99.99	No	Yes	0
77	A:A:93	A:A:94	64.71	No	No	0
78	B:B:3	B:B:4	55.13	No	No	0
79	B:B:4	B:B:5	91.48	No	No	1
80	B:B:5	B:B:6	100	No	No	0
81	A:A:17	B:B:8	79.42	No	Yes	0
82	A:A:56	A:A:57	52.95	Yes	Yes	1
83	A:A:23	A:A:36	25.42	No	Yes	0
84	A:A:57	A:A:67	38.02	Yes	No	0
85	A:A:49	A:A:50	24.14	Yes	No	2
86	A:A:34	A:A:57	22.43	Yes	Yes	1
87	A:A:2	A:A:5	26.27	No	No	0
88	A:A:81	A:A:82	0.6	No	No	0
89	A:A:61	A:A:63	0	Yes	No	3
90	A:A:54	A:A:55	0.14	No	Yes	1
91	A:A:91	A:A:92	0.08	Yes	No	1
92	A:A:18	A:A:19	0	No	Yes	0
93	A:A:74	A:A:75	1.65	Yes	No	1
94	A:A:42	A:A:44	0	Yes	Yes	2
95	A:A:21	A:A:39	0	No	Yes	4
96	A:A:69	A:A:70	0	Yes	No	1
97	A:A:67	A:A:68	3.24	No	No	0
98	A:A:30	A:A:33	10.48	No	Yes	1
99	A:A:12	A:A:13	0	No	No	0
100	A:A:60	A:A:88	0.56	Yes	No	0
101	A:A:46	A:A:47	0	Yes	Yes	2
102	B:B:6	B:B:7	0	No	No	0
103	A:A:24	A:A:25	0	No	Yes	0
104	A:A:45	A:A:46	0	Yes	Yes	2
105	A:A:4	A:A:93	11.01	No	No	0
106	A:A:11	A:A:12	21.57	Yes	No	0
107	A:A:11	A:A:45	0	Yes	Yes	0
108	A:A:19	A:A:41	1.8	Yes	Yes	2
109	A:A:19	A:A:44	0	Yes	Yes	2
110	A:A:19	B:B:8	0.09	Yes	Yes	0
111	A:A:20	A:A:39	0.01	No	Yes	4
112	A:A:25	A:A:27	0	Yes	No	1
113	A:A:25	A:A:28	0	Yes	Yes	1
114	A:A:25	A:A:35	0	Yes	Yes	1
115	A:A:25	A:A:69	0	Yes	Yes	1
116	A:A:25	A:A:70	0	Yes	No	1
117	A:A:26	A:A:69	0	No	Yes	0
118	A:A:31	A:A:33	0	Yes	Yes	1
119	A:A:31	A:A:34	0	Yes	Yes	1
120	A:A:32	A:A:33	0.06	No	Yes	1
121	A:A:32	A:A:34	1.64	No	Yes	1
122	A:A:33	A:A:34	0	Yes	Yes	1
123	A:A:34	A:A:36	25.14	Yes	Yes	1
124	A:A:35	A:A:69	0	Yes	Yes	1
125	A:A:37	A:A:55	0	No	Yes	0
126	A:A:38	A:A:39	0	No	Yes	0
127	A:A:39	A:A:40	8.81	Yes	No	0
128	A:A:41	A:A:44	0	Yes	Yes	2
129	A:A:43	A:A:44	0	No	Yes	2
130	A:A:45	A:A:47	0	Yes	Yes	2
131	A:A:45	A:A:48	0	Yes	No	2
132	A:A:46	A:A:49	0.16	Yes	Yes	2
133	A:A:46	A:A:50	0	Yes	No	2
134	A:A:47	A:A:50	1.48	Yes	No	2
135	A:A:53	A:A:55	0	No	Yes	1
136	A:A:55	A:A:56	1	Yes	Yes	1
137	A:A:56	A:A:92	0	Yes	No	1
138	A:A:59	A:A:60	0	No	Yes	0
139	A:A:60	A:A:61	0.17	Yes	Yes	3
140	A:A:60	A:A:86	0	Yes	Yes	3
141	A:A:60	A:A:87	0	Yes	No	3
142	A:A:62	A:A:63	0	No	No	3
143	A:A:63	A:A:64	0	No	No	3
144	A:A:73	A:A:74	0	No	Yes	0
145	A:A:74	A:A:76	0	Yes	Yes	1
146	A:A:74	A:A:77	1.19	Yes	No	1
147	A:A:74	A:A:78	0	Yes	No	1
148	A:A:79	B:B:7	14.81	No	No	0
149	B:B:7	B:B:8	9.57	No	Yes	0

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Color	Trajectory Frequency
	0 < Freq. ≤ 10
	10 < Freq. ≤ 20
	20 < Freq. ≤ 30
	30 < Freq. ≤ 40
	40 < Freq. ≤ 50
	50 < Freq. ≤ 60
	60 < Freq. ≤ 70
	70 < Freq. ≤ 80
	80 < Freq. ≤ 90
	90 < Freq. ≤ 100

Index	Hub	Freq	Num Of Links	Community
1	A:A:7	63.45	4	0
2	A:A:25	81.99	6	0
3	A:A:28	51.09	3	0
4	A:A:31	72.22	5	0
5	A:A:33	82.63	4	0
6	A:A:36	86.53	6	0
7	A:A:42	64.08	4	0
8	A:A:51	67.36	3	0
9	A:A:56	51.17	5	3
10	A:A:57	76.95	5	3
11	A:A:61	76.82	4	3
12	A:A:71	91.54	5	3
13	A:A:91	99.11	5	0
14	A:A:11	16.34	4	0
15	A:A:19	27.98	4	0
16	A:A:34	27.61	5	0
17	A:A:35	10.47	4	0
18	A:A:39	4.45	4	0
19	A:A:41	42.76	4	0
20	A:A:44	46.4	4	4
21	A:A:45	1.84	4	0
22	A:A:46	37.51	4	0
23	A:A:47	48.41	5	0
24	A:A:49	31.65	4	0
25	A:A:55	10.95	4	0
26	A:A:60	5.92	5	0
27	A:A:69	5.59	4	1
28	A:A:74	9.63	5	0
29	A:A:76	36.19	4	0
30	A:A:86	46.1	5	1
31	B:B:8	40.15	4	1

Index: hub id, click on each number to highlight the corresponding hub in the 3D visualization.

Hub: the hub being considered.

Freq: the trajectory frequency of the corresponding hub.

Num Of Links: the number of links of the corresponding hub.

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value: this column reports the value present in the user submitted external values file (if any).

Color	Relative Recurrence (%)
	0 < rr ≤ 10
	10 < rr ≤ 20
	20 < rr ≤ 30
	30 < rr ≤ 40
	40 < rr ≤ 50
	50 < rr ≤ 60
	60 < rr ≤ 70
	70 < rr ≤ 80
	80 < rr ≤ 90
	90 < rr ≤ 100

Index	Node1	Node2	Recurrency	Freq	Hub1?	Hub2?	Community
1	A:A:2	A:A:3	37.7959	100	No	No	0
2	A:A:2	A:A:5	50.2219	26.27	No	No	0
3	A:A:5	A:A:6	62.2041	100	No	No	0
4	A:A:6	A:A:7	73.8905	98.6	No	Yes	0
5	A:A:7	A:A:8	33.8757	72.56	Yes	No	0
6	A:A:8	A:A:86	28.7722	91.18	No	Yes	3
7	A:A:85	A:A:86	64.0533	59.62	No	Yes	0
8	A:A:11	A:A:85	56.7308	64.18	Yes	No	0
9	A:A:11	A:A:12	54.9556	21.57	Yes	No	0
10	A:A:12	A:A:13	49.926	0	No	No	0
11	A:A:13	A:A:16	25.074	56.17	No	No	0
12	A:A:7	A:A:91	76.8491	64.62	Yes	Yes	0
13	A:A:51	A:A:91	61.2426	85.04	Yes	Yes	0
14	A:A:49	A:A:51	69.9704	100	Yes	Yes	0
15	A:A:48	A:A:49	29.8077	90.94	No	Yes	2
16	A:A:42	A:A:47	65.3846	71.76	Yes	Yes	2
17	A:A:41	A:A:42	38.9793	100	Yes	Yes	2
18	A:A:19	A:A:41	27.2929	1.8	Yes	Yes	2
19	A:A:18	A:A:19	27.071	0	No	Yes	0
20	A:A:46	A:A:49	27.2189	0.16	Yes	Yes	2
21	A:A:42	A:A:44	25.074	0	Yes	Yes	2
22	A:A:19	A:A:44	26.4793	0	Yes	Yes	2
23	A:A:56	A:A:91	100	100	Yes	Yes	1
24	A:A:56	A:A:57	93.8609	52.95	Yes	Yes	1
25	A:A:36	A:A:57	83.432	60.54	Yes	Yes	1
26	A:A:23	A:A:36	57.3964	25.42	No	Yes	0
27	A:A:22	A:A:23	64.2012	100	No	No	0
28	A:A:21	A:A:22	26.4793	100	No	No	0
29	A:A:31	A:A:36	29.5118	75.75	Yes	Yes	1
30	A:A:30	A:A:31	21.2278	100	No	Yes	1
31	A:A:34	A:A:57	22.5592	22.43	Yes	Yes	1
32	A:A:35	A:A:36	69.0089	100	Yes	Yes	1
33	A:A:57	A:A:58	61.0947	100	Yes	No	0
34	A:A:55	A:A:56	20.1183	1	Yes	Yes	1
35	A:A:37	A:A:55	21.6716	0	No	Yes	0
36	A:A:37	A:A:38	42.1598	97.49	No	No	0
37	A:A:38	A:A:39	39.497	0	No	Yes	0
38	A:A:39	A:A:40	25.2219	8.81	Yes	No	0
39	A:A:60	A:A:86	45.2663	0	Yes	Yes	3
40	A:A:59	A:A:60	61.3166	0	No	Yes	0
41	A:A:60	A:A:61	38.9793	0.17	Yes	Yes	3
42	A:A:57	A:A:67	45.2663	38.02	Yes	No	0
43	A:A:66	A:A:67	27.2189	95.58	No	No	0
44	A:A:35	A:A:69	52.2929	0	Yes	Yes	1
45	A:A:69	A:A:70	48.0769	0	Yes	No	1
46	A:A:35	A:A:58	73.4467	52.03	Yes	No	0
47	A:A:25	A:A:35	55.3994	0	Yes	Yes	1
48	A:A:25	A:A:70	51.8491	0	Yes	No	1
49	A:A:70	A:A:71	93.0473	100	No	Yes	1
50	A:A:71	A:A:72	27.5148	100	Yes	No	0
51	A:A:22	B:B:6	43.2692	96.5	No	No	0
52	B:B:5	B:B:6	24.1864	100	No	No	0
53	A:A:13	A:A:81	41.3462	99.32	No	No	0
54	A:A:80	A:A:81	44.6006	100	No	No	0
55	A:A:76	A:A:80	23.3728	63.78	Yes	No	0
56	A:A:79	A:A:80	26.997	97.12	No	No	0
57	B:B:6	B:B:7	46.4497	0	No	No	0
58	A:A:79	B:B:7	37.7959	14.81	No	No	0
59	A:A:84	A:A:85	20.4882	100	No	No	0
60	A:A:71	A:A:75	47.4112	74.5	Yes	No	1
61	A:A:3	A:A:4	25.3698	100	No	No	0
62	A:A:20	B:B:8	30.8432	88.22	No	Yes	0
63	A:A:11	A:A:45	43.9349	0	Yes	Yes	0
64	A:A:45	A:A:47	22.1893	0	Yes	Yes	2
65	A:A:58	A:A:59	65.9024	99.86	No	No	0
66	A:A:40	A:A:41	22.929	100	No	Yes	0
67	A:A:75	A:A:76	27.5888	99.99	No	Yes	1
68	A:A:51	A:A:52	20.784	100	Yes	No	0
69	A:A:19	B:B:8	42.6035	0.09	Yes	Yes	0
70	A:A:36	A:A:37	42.3817	100	Yes	No	0
71	B:B:7	B:B:8	44.4527	9.57	No	Yes	0

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Color	Relative Recurrence (%)
	0 < rr ≤ 10
	10 < rr ≤ 20
	20 < rr ≤ 30
	30 < rr ≤ 40
	40 < rr ≤ 50
	50 < rr ≤ 60
	60 < rr ≤ 70
	70 < rr ≤ 80
	80 < rr ≤ 90
	9 < rr ≤ 10

Here, those paths that begin and end at given residue pair(s) or that pass through a residue are used to generate a novel metapath. Such a path filtering is particularly recommended if some information on allosteric residues is available. The selection syntax for a residue pair ("Pairs") is C:C:c534,A:A:?600 (the lower-case "c" stands for cytosine and "?" indicates any non standard amino acid or nucleotide residue). Selection of more than one apical residue pair has the following syntax: C:C:c534,A:A:?600,C:C:c534,A:A:E41. Only one residue can be selected as a tail ("Tail"). For midway residue(s), each residue must be separated by a comma as well e.g. A:A:?600,A:A:E41.

Index	Node1	Node2	Recurrency	Freq	Hub1?	Hub2?	Community	Value1	Value2

Index: link id, click on each number to highlight the corresponding link in the 3D visualization.

Node1 Node2: the two nodes of the corresponding link.

Recurrency: the relative recurrency in the filtered pool of shortest paths.

Freq: the trajectory frequency of this link.

Hub1?, Hub2?: "Yes" if the corresponding node has more than 3 links, otherwise "No".

Community: the id of the community the link belong to, otherwise 0.

Value1, Value2: these columns report the values present in the user submitted external values file (if any).

Download PSN data

Trj Stats Plots:

Stat 1	Stat 2	Documentation

2D representation of the global metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

2D representation of the user filetered metapath and histograms of path distribution according to several parameters:

Net Summary
I_min	4.62969
Number of Linked Nodes	100
Number of Links	149
Number of Hubs	31
Number of Links mediated by Hubs	103
Number of Communities	4
Number of Nodes involved in Communities	50
Number of Links involved in Communities	76

Path Summary
Number Of Nodes in MetaPath	72
Number Of Links MetaPath	71
Number of Shortest Paths	7152
Length Of Smallest Path	3
Average Path Length	8.36661
Length of Longest Path	18
Minimum Path Force	1.41
Average Path Force	5.15433
Maximum Path Force	10.43
Minimum Path Correlation	0.814
Average Path Correlation	0.884613
Maximum Path Correlation	0.932
Minimum % Of Corr. Nodes	6.25
Average % Of Corr. Nodes	28.0258
Maximum % Of Corr. Nodes	100
Minimum Path Hubs %	0
Average Path Hubs %	49.867
Maximum Path Hubs %	100

Filtered Path Summary
Number Of Nodes in MetaPath	available after path filtering
Number Of Links MetaPath	available after path filtering
Number of Shortest Paths	available after path filtering
Length Of Smallest Path	available after path filtering
Average Path Length	available after path filtering
Length of Longest Path	available after path filtering
Minimum Path Force	available after path filtering
Average Path Force	available after path filtering
Maximum Path Force	available after path filtering
Minimum Path Correlation	available after path filtering
Average Path Correlation	available after path filtering
Maximum Path Correlation	available after path filtering
Minimum % Of Corr. Nodes	available after path filtering
Average % Of Corr. Nodes	available after path filtering
Maximum % Of Corr. Nodes	available after path filtering
Minimum Path Hubs %	available after path filtering
Average Path Hubs %	available after path filtering
Maximum Path Hubs %	available after path filtering

Details about the values in these tables can be found in the corresponding documentation page .

You can download a compressed (zip) file with all submitted structures, 3D outputs (as PyMol and VMD scripts) and numerical data files (as csv and plain text files). The zip bundle also contains an output manual explaining the meaning of all files and numerical data.

Download webpsn_output_jobsYmBd2.zip